4. Pokročilé činnosti

V této kapitole jsou popsány pokročilé postupy editace a práce s molekulami.

Knihovna

Aplikace molsKetch obsahuje knihovnu často používaných chemických struktur a funkčních skupin. Uživatelé do ní mohou přidávat vlastní položky.

Vložení molekuly z knihovny

Před přidáním struktury z knihovny je třeba vybrat patřičnou kartu v okně »Nástroje« (standardně vlevo). Dvojklikem na požadovanou strukturu se tato vloží do dokumentu. Potom ji lze přesouvat a upravovat stejně jako ostatní věci v dokumentu.

Přidání molekuly do uživatelské knihovny

Před přidáním struktury do uživatelské knihovny je třeba nejprve zapnout režim přesouvání. V tomto režimu je nutné označit strukturu, která se má přidat. V okně »Nástroje« (standardně vlevo) je třeba vybrat kartu »Vlastní molekuly« a kliknout na tlačítko »Přidat...« V dialogovém okně je třeba vyplnit jméno a po stisku OK se struktura přidá do uživatelské knihovny.

Smazání molekuly z uživatelské knihovny

Pro smazání struktury z uživatelské knihovny je tuto nejprve třeba vybrat jako před vkládáním z knihovny. Potom se struktura vymaže z knihovny stiskem tlačítka »Odstranit«. Tato akce je nevratná.

Schránka

V programu molsKetch lze používat schránku k vyjmutí, kopírování a vkládání struktur v dokumentu. Výběr je zároveň uložen v systémové schránce jako obrázek pro použití v dalších programech. Pro vyjímání a kopírování je třeba nejprve vybrat požadované v režimu přesouvání. Přidržením klávesy »Control« lze přidat do výběru více položek. Vkládání je možno použít pouze pokud interní schránka obsahuje nějaké struktury.

Nastavení programu

Výběrem »Upravit nastavení...« z nabídky »Úpravy« lze změnit způsob, jakým molsKetch kreslí chemické struktury.

Automaticky přidávat vodíky

Je-li tato volba zapnuta, molsKetch bude automaticky přidávat vodíky tak, aby byl atom neutrální. Tato volba ovlivní pouze nejlehčí prvky.

Zobrazovat neutrální uhlíky

Není-li tato volba zapnuta, molsKetch schová neutrální atomy uhlíku, tzn. že budou zobrazeny pouze vazby.

Zobrazovat neutrální vodíky

Není-li tato volba zapnuta, molsKetch schová neutrální atomy vodíku.

Zobrazovat náboj atomů

Je-li tato volba zapnuta, molsKetch zobrazí znaménko náboje, jestliže atom není neutrální.

Délka vazby

Zde lze nastavit rozteč dynamické mřížky, tedy vzdálenost mezi místem kliknutí a body mřížky. Toto nastavení neovlivní již existující vazby.

Úhel vazby

Zde lze nastavit počet bodů dynamické mřížky, ze kterého vyplývá úhel mezi vazbami. Toto nastavení lze využít ke kreslení cyklických struktur s daným počtem atomů.

Informační okno

Okno »Informace« (standardně vlevo dole) zobrazuje informace o právě vybrané struktuře. Je zde její vzorec, hmotnost a celkový náboj. Prostřednictvím kontextového menu (pravý klik myši) lze tyto informace kopírovat do jiných programů.